En la Suecia de principios del siglo XX, Fanny y Alexander son dos hermanos de 8 y 10 años respectivamente que pertenecen a una familia dedicada al teatro. Cuando muere su padre, la madre vuelve a casarse con un pastor protestante que viene a compartir su vida con ellos. El ambiente cálido y familiar del que disfrutaban hasta entonces cambia radicalmente, ya que el pastor tiene un carácter severo y cruel. El único refugio que tienen los niños es ir a casa de Isak, un comerciante judío amante de su abuela.
